Permutacionales distancias MANOVA y Mahalanobis en R

Question

En este papel

Anderson, M. J. (2001). Un nuevo método no paramétrico de análisis multivariante de la varianza. Ecología Austral, 26, 32-46

He encontrado muy útil MANOVA enfoque que puede, hasta cierto punto, hacer frente a la no-normalidad. Me preguntaba si es posible y plausible para incluir las distancias de Mahalanobis como método de similitud. De hecho, mi pregunta es acerca de R vegana paquete de función adonis que implementa este tipo de MANOVA pero no permite distancias de Mahalanobis como medida de similitud. Permite pesar a través de la designdist función de la creación de cualquier medida de distancia para ser utilizado en adonis, pero estoy totalmente de no se puede tratar con esa sintaxis.

Alguna experiencia sobre esto?

Answer 1

Como uno de los desarrolladores de vegana (aunque no la adonis() función) estoy razonablemente bien colocado comentario; por desgracia, adonis() asume vegdist() es para ser utilizado para el cálculo de la diferencia de la matriz en la función. Cambiando adonis() no sería demasiado difícil hacerlo ya que permite que cualquier función que devuelve un objeto de la clase "dist" para ser utilizada en lugar de vegdist() - de hecho sería trivial - pero me gustaría saber qué función desea utilizar para el cálculo de la distancia de mahalanobis para que yo pudiera escribir una función de contenedor y proporcionar una modificación de la adonis() aquí para su uso. Cambiando el real adonis() función en el vegano es más complicado...

Mientras tanto, voy a tomar esto con el vegana desarrolladores; existen varias funciones de veganos que podrían beneficiarse de ser generalizada para permitir diferentes disimilitud funciones y algunos ya se lo permiten. En este punto en el paquete de desarrollo, deberíamos estar buscando que la diversamente-autor de las funciones de trabajo, más de manera similar.